O edifício de tradição asturiana foi totalmente substituído nos séculos seguintes. O templo presente surgiu como doação do Conde D. Henrique e Dona Teresa do mosteiro de Rates, que se encontrava arruinado, ao Priorado, ligado a Cluny, de La Charité sur Loire, Auxerre em França.. Foi reconstruída em 1100 e está classificada como monumento nacional. Constitui um dos mais importantes monumentos românicos medievais no então emergente reino de Portugal, dada a relevância das formas arquitectónicas e escultóricas.
As origens do templo antecedem a nacionalidade, tendo sido identificados vestígios materiais que remontam à época romana. Os trabalhos arqueológicos em 1997 e 1998 na área envolvente permitiu documentar as várias fases do desenvolvimento conventual e particular desde o século VI até ao presente. Nas escavações, o conhecimento acerca do templo pré-românico alargou-se a outros elementos, nomeadamente um aparente ante-corpo ocidental, provável narthex do templo pré-românico, onde foi encontrada uma estela romana, posteriormente cristianizada pelos séculos VI-VII e, ainda depois, reaproveitada na fase pré-românica.
